A diversidade de espécies é considerada como um aspecto favorável de comunidades naturais existindo vários índices para estimá-la, possibilitando, inclusive, a comparação entre os valores de diferentes sistemas. O índice de Shannon é um dos índices mais utilizados. É simplesmente a informação entrópica da distribuição, tratando as espécies como símbolos e o tamanhos da respectiva população como uma probabilidade. No âmbito de um projeto de DNA ambiental, a riqueza refere -se ao número de espécies presentes na amostra, enquanto que a uniformidade é medida pelo número de fragmentos de DNA de uma espécies, em uma área.