Por Mauro Rebelo

Prova de Conceito do DNA Ambiental com amostras do Projeto HABITATS

Post Projeto DNA Ambiental prova de conceitos

Em 2013, um acordo de cooperação técnico-científica com o CENPES-Petrobras, permitiu que a Bio Bureau Biotecnologia analisasse 15 amostras de sedimentos do projeto Habitat de identificação da biodiversidade na Bacia de Campos (100.000 km2). Foram utilizadas amostras de sedimento sobressalentes, armazenadas sob refrigeração à -20 oC entre 2009 e 2013. 

A extração dos DNAs contidos nas amostras dos sedimentos permitiu o processamento de mais de 10 milhões de fragmentos de DNA, gerando mais de 2 bilhões de pares de bases para identificação de organismos.  Os DNAs sequenciados com tecnologia íon próton puderam então passar pela fase de processamento por bioinformática.

O método de análise da biodiversidade por Metagenômica desenvolvido pela Bio Bureau obteve um resultado excepcional, permitindo a identificação de 13 filos e 33 classes. As árvores filogenéticas foram montadas a partir das análises de mais de 1 milhão de sequências de DNA e integram as informações da biodiversidade avaliada com base em marcadores genéticos para 3 réplicas de uma estação de coleta.  Apenas para a classe Poliqueta foram identificadas 16 famílias, 27 gêneros e 25 espécies.

Nossa prova de conceito mostrou que era possível reduzir o tempo de análise das amostras de um projeto da magnitude do Habitat de 60 meses com a taxonomia tradicional, para 3 meses com a metagenômica, com um ganho de mais de 10 vezes no número de espécies ou unidades taxonômicas operacionais, identificadas.

Os resultados estão publicados na forma de pre-print na revista PeerJ: Schettini MMDP, Cardenas RGCCL, Detoni MAA, Rebelo MF. 2016. Meta-Barcoding accelerates species discovery and unravel great biodiversity of benthic invertebrates in marine sediments in Campos basin, Brazil. PeerJ Preprints 4:e2103v3 https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.2103v3